抗生素普遍存在滥用等现象。目前畜禽养殖业和水产养殖业中出现的疾病多为正常或应激状态下的细菌和病毒混合感染所致，抗生素治疗仍然是首选方案。为了提高生产效率，很多养殖户在养殖过程中添加了大量抗生素，从而预防并控制疾病出现。在实际情况中，盲目使用抗生素不仅增加了疫病的防控难度，还使治疗成本变高，从而导致我国畜产品的出口受到了不同程度影响，最终造成了经济效益损失。
部分兽用抗生素对动物的健康造成了不同方面的负面影响。A Tauro 等审查了2004～2017 年四家兽医转诊医院 的医疗记录，26 只犬被诊断为甲硝唑毒性，并发现甲硝唑导致狗神经毒性的剂量远低于之前报道的剂量。推测随着抗生素药物的大量应用，一些药物即使较少剂量也能使动物出现严重的不良反应。还有研究表明使用抗生素能够改变机体肠道微生态平衡， 从而导致抗生素相关性腹泻（AAD）以及其他疾病。
抗生素的使用可能促进了抗生素抗性细菌的产生。目前，抗生素研发速度远远落后于耐药菌进化速率，抗药性超级细菌的出现以及治疗人类和动物疾病的新抗生素的缺乏成为全球性的问题。UmedaK 等从151 只狗和182 只猫中通过收集粪便样品或直肠拭子筛选耐药细菌的存在，该研究发现在伴侣动物中存在几种类型的头孢菌素抗性肠杆菌科的分布。
